日本武尊（やまとたけるのみこと）が東征の際に従者と待ち合せた地に建てられた祠がその発祥とされます。古地図によると、この場所には陣屋があり江戸時代になって空き地となったところへ江戸川付近にあった祠を遷座し神社として創建したと言われています。かつては御嶽大権現と称しましたが明治維新後に松戸神社と改称します。松戸宿鎮守で10月18日が例大祭です。戦時中は近くに工兵学校などの軍施設もあったため祭神の日本武尊に武運を祈願する軍関係者も多かったといいます。現在では地元出身の宇宙飛行士山崎直子さんが宇宙安全を祈願したことで知られています。
付近の坂川沿道には河津桜、境内にはソメイヨシノがあり、春は花見の名所です。